Hola,
Lo que tienes que hacer es, en las máquinas clientes, configurar el nrpe.cfg (el del demonio nrpe) para diferentes puertos usando el parámetro server_port=NúmeroDePuertoDelCliente, y definir en el servidor un servicio diferente para cada cliente, poniéndoles en el chkck_nrpe el parámetro -p NúmeroDePuertoDelCliente
De esta manera a cada cliente accederá por un puerto distinto al demonio nrpe y no tendrás este problema. Eso sí, a la hora de usar plantillas para configurar Nagios, ya no será tan simple, porque para cada cliente a monitorizar tendrás que definirle unos check_nrpe específicos.
Suerte