こんにちは。
VMware Tools のバージョンアップはご認識の通りで、
インストール対象のゲストOSにインストーラ(setup.exe)を配置して実行します。
2018/9/14時点のProduct Interoperability Matricesにある最新版 10.3.0 は既知の問題により廃止
(かわりに10.3.2リリース済み)されていたり、
設計/運用面での都合もあると思いますが、互換性のある範囲内で
できるだけ新しい VMware Tools をインストールするのがよいかと思います。
また、リリースノートの記載具合もあるので、
どうしても原因究明が必要な場合は(製品不具合かどうかなど)
製品サポートに問い合わせが必要になるかなと思います。
(参考情報として)
ESXiバージョンの順序性がわかりにくいので、
Build番号を記載しておきます。
ESXi 6.0 Express Patch 6 → Build 3825889
ESXi 6.0 Update 3 → Build 5050593
ESXi 6.0 U3e → Build 7967664