投稿有難うございます。回答をするために確認をしたい点が何点かあります。
1. 以下の容量の情報及び変化は、どこで確認されたものでしょうか?
(vSphere Client上からのビューで見ている、またはHPE MSA1050の管理ツール上のビューからか)
>iSCSI接続した上でESXi上からキャパシティを確認したのですが、約1000GB割り振ったデータストア(1023.9GB)のキャパシティが953.67GBにまで減少していました。他データストアの容量も499.9GB→465.5GB・1359.9GB→1.24TBと減少しており、合わせると430GB以上も実際に使用できない部分が生じてしまっていました。
2. ご利用のファイルは何でしょうか?(VMFS-6, VMFS-5など)
3. もし可能でしたら、前後の様子の画面イメージがあれば頂きたいなと思っています。
理想としては、ストレージ管理ツールとvSphere UIのそれぞれでのフォーマット作業前後のイメージ図です。既に本番用データを入れていて再現のための作業が難しい場合は、今の様子を各UIで容量が解るように表示された様子を添付いただけると助かります。
なお経験上ですが、iSCSIだから発生する、というものでは無いような気がします。ある程度はVMFSでフォーマットした際にはオーバーヘッドとして容量が使用されますが、伺ってる内容としてはちょっとそれにしては大きいなぁという印象です。
VMware Knowledge Base About VMFS system files overhead (1001618)
以上追加の情報をお待ちしております。