У вас весь лог vmkernel забит сообщениями вида.
Время отклика от этого датастора по 300-500 миллисекунд, поэтому все так медленно.
2018-05-14T08:44:15.556Z cpu0:32961)FS3Misc: 1759: Long VMFS rsv time on 'diskD' (held for 373 msecs). # R: 1, # W: 1 bytesXfer: 2 sectors
2018-05-14T08:44:36.067Z cpu0:52033)FS3Misc: 1759: Long VMFS rsv time on 'diskD' (held for 558 msecs). # R: 1, # W: 1 bytesXfer: 2 sectors
2018-05-14T08:44:59.403Z cpu3:36137)FS3Misc: 1759: Long VMFS rsv time on 'diskD' (held for 377 msecs). # R: 1, # W: 1 bytesXfer: 2 sectors
2018-05-14T08:45:43.205Z cpu11:52035)FS3Misc: 1759: Long VMFS rsv time on 'diskD' (held for 375 msecs). # R: 1, # W: 1 bytesXfer: 2 sectors
Датастор diskD - это тот самый датастор, который собран на SSD дисках? Или это что-то другое?