Hola kurgans, yo en tu caso intentaría dos cosas :
1) Hacer un clonado de la VM en el propio host y utilizar productos tipo TrueImage o parted para reducir el tamaño de los discos.
2) Crear una VM con disco de menor tamaño pero suficiente para tus datos y hacer un procedimiento de recovery sobre ella de la VM grande. Mírate en la zona de doc de la web de Debian, hay muchos posts en los foros sobre como hacerlo.
¿Controlar el crecimiento de las VMs?
De entrada sólo te crecerán por los logs, el uso de snapshots y/o swap, sinó los discos en ESX son de tamaño fijo. Para monitorizar en caliente puedes hacerte un script o utilizar productos de monitorización tipo nagios o Veeam Monitor.
Salu2