Hola Irasines,
Primero decirte que la recomendación es que siempre se tenga un 15% del espacio total del datastore libre para gestión de la infraestructura virtual y posibles necesidades de las máquinas virtuales y evitar este tipo de problemas.
Una vez ya tenemos el problema tenemos varias opciones:
1 - Consolidar los snapshot que efectivamente se pueden hacer con la máquina apagada.
2 - Si se tiene la opción, como bien dices, mover máquinas virtuales a otro datastore para liberar el espacio necesario y dejarlo todo correcto y poder hacer los movimientos necesarios.
3 - Sino hay mas espacio disponible la operación menos traumática aunque sensible por la perdida de servicio es ir apagando máquinas virtuales hasta liberar el espacio necesario para poder operar. Al apagar máquinas virtuales se borran los archivos swap de páginación que ocupan mucho espacio en el datastore, lo que irá en función de la memoria RAM asignada a cada servidor. Una vez hechas las operaciones necesarias puedes volver a encenderlas.
En cualquier caso nunca uses el 100% del espacio de un datastore porque se te acabarán cayendo las máquinas virtuales y no podrás volver a arrancarlas hasta que esté solucionada el problema de espacio.
Respecto del borrado del archivo vmdk, si el fichero delta es el único que se ha borrado se podría intentar recuperar la máquina virtual si todavía conservas el archivo vmdk original eliminando todas las referencias al snapshot en los archivos de la máquina virtual y apuntando el fichero vmx al vmdk original. Obviamente con esta opción se perderían todos los cambios hechos desde que se creó el snapshot pero podrías tener todo lo anterior. Tampoco estaría garantizado que funcionara en todos los casos pero podría hacerse.