こんにちは。
ESXi仮想マシンでの「~-flat.vmdk」といった名前のファイルは、
シン プロビジョニングの仮想ディスクでも作成されます。
添付された「Error report.log」のエラーについては、Dドライブが認識できなくなったトラブルとは直接関係しなそうです。
WindowsゲストOS側では特にエラーなどが見当たらないとのことなので、
仮想マシンやESXi側でも確認してみるとよいかなと思いました。
ひとまずは、vSphere ClientかHost Clientで、対象Windows仮想マシンの
「監視」配下にある「イベント」か「タスク」あたりで、問題のあった時間帯で
何か操作やエラーなどの記録(データストアの容量不足や仮想ディスクサイズの変更など)がなそうか
確認してみるとよいかなと思います。
また、ファイルサーバーですとデータロスが心配なので、復旧で
なにかWindowsや仮想マシンの構成変更をするまえに、製品サポート窓口に連絡した方がよさそうに感じました。
以上、ご参考まで・・・