Hola:
Pues todo depende del tipo de SAN que tengas, los datos de ocupación y como tengas organizadas las luns.
Si la SAN es iSCSI podrías hacer que las VMs vieran las LUN como un almacenamiento iSCSI, vamos como lo haces en físico. Si es por FC el tema es mas complejo ya que la VM no puede ver directamente las HBA (se podría hacer con el Direct Path pero es bastante "quisquilloso" y pierdes funcionalidades importantes).
Con los datos de ocupación me refiero a saber cuanto ocupa los datos en la SAN ya que temporalmente tendrías que utilizar el almacenamiento local del servidor para ejecutar las VMs ya que para poder utilizar la SAN para almacenar las VMs tendrías que formatear las LUNs con VMFS con lo cual perderías los datos.
Tu idea inicial está bien. Como son dos nodos activo/pasivo coges el pasivo instalas un ESX y ya puedes "jugar" con el, el problema es el almacenamiento que tendrías que buscar un storage intermedio, sea el disco local del servidor ESX o algún storage nfs, para poder vaciar la SAN y formatearla con VMFS.
Cuanto espacio te queda disponible en la SAN?
Saludos.