Estimado, buenos dias.
Desde mi humilde opinion, y desde mi experiencia con FileServers Virtualizados, siempre los configure con 2 discos.
1 para el S.O.
1 para los Datos.
El disco de datos como un disco mas de la maquina virtual.
El rendimiento ha sido optimo y sin inconvenientes.
Habitualmente utilizo 2 controladoras virtuales, 1 para cada disco.
Esta configuración me permite tratar la MV como cualquier otra, realizar backups con Veeam y sin ningún problema.
Espero haber sido de ayuda.