Recuerda, cada fichero flat.vmdk es un disco virtual y los ficheros .vmdk son solamente unos descriptores XML del disco flat.vmdk. Si has perdido el flat.vmdk, has perdido el disco, en cambio si has perdido un .vmdk y mantienes el flat.vmdk, puedes recrear un nuevo fichero .vmdk ya que como te digo simplemente es un fichero xml...
Te pongo un ejemplo en mi entorno, de mi máquina SERVER01:
# ls -ltr
total 25199232
-rw-rr 1 root root 44928 Jan 5 10:41 vmware-1.log
-rw------- 1 root root 4294967296 Jan 5 12:19 SERVER01-440d4927.vswp
-rw-rr 1 root root 56956 Jan 19 17:10 vmware-2.log
-rw------- 1 root root 547 Jan 26 08:39 SERVER01.vmsd
-rw-rr 1 root root 37 Jan 27 17:24 SERVER01-440d4927.hlog
-rw------- 1 root root 402 Jan 27 17:25 SERVER01_D.vmdk
-rw-rr 1 root root 216022 Jan 27 17:25 vmware-3.log
-rw------- 1 root root 403 Jan 27 17:25 SERVER01_C.vmdk
-rw------- 1 root root 8684 Jan 27 17:25 SERVER01.nvram
-rw------- 1 root root 263 Jan 29 14:54 SERVER01.vmxf
-rwxr-xr-x 1 root root 2453 Jan 29 14:54 SERVER01.vmx
-rw-rr 1 root root 55292 Jan 29 15:01 vmware.log
-rw------- 1 root root 16121548800 Feb 1 14:57 SERVER01_C-flat.vmdk
-rw------- 1 root root 5379333120 Feb 1 14:57 SERVER01_D-flat.vmdk
Observa que al final del ls se muestra SERVER01_C-flat.vmdk y SERVER01_D-flat.vmdk... Estos son mis dos discos C: y D: del servidor SERVER01, y si te dfijas lo que ocupan: 16121548800 bytes y 5379333120 bytes, verás que es el contenido de cada uno de los discos.
En cambio si miras el ficheroi SERVER_C.vmdk o SERVER_D.vmdk que son los ficheros vmdk de los dos discos, verás que ocupan 402 y 403 bytes... ya que son ficheros XML apuntando a los discos reales: *-flat.vmdk. Lo dicho: si has perdido el flat-vmdk, has perdido el disco.