Es la limitación que tiene el esxi, es decir, que no es esx. El ESXi viene totalmente capado, con lo que tienes que utilizar el Viclient para conectarte a el y no dispones del Virtual Center, que es el que te deja hacer todas las maravillas que se pueden hacer, si tienes licencias, claro.
Lo que si puedes hacer, y es lo que hago yo, es abrir dos conexiones con el viclient, una a cada esxi (dos viclients). Con esto no hago nada, no puedo haver vmotion ni nada por el estilo. O gestiono uno o gestiono el otro, pero nunca los dos a la vez, para eso hace falta Virtual Center.
En cuanto a lo que comentas de crear una VM en cada esxi, si los host son medianamente decentes yo no haria eso. Si tienes un host normalillo yo pondria las 2 MVs en el mismo y por que no creas que al ponerlas en diferentes esxis vas a poder hacer virguerias con ellos.
No se si te he aclarado algo, pero si tienes mas dudas, pregunta, pregunta.
Venga, a pasarlo bien!!